두뇌동기연구소는 인간 동기와 정서현상에 관한 근본적인 이해를 증진시키고자 하는 사명을 가지고 설립되었다. 두뇌동기연구소의 연구자들은 이러한 사명을 달성하기 위하여 특히 한국의 학령기 아동과 청소년을 대상으로 아래와 같은 목표를 추구하고 있다:

• 동기와 정서에 관한 실증적 학제간 융합연구를 수행한다.
• 다양하고 복잡한 동기와 정서 현상을 최대한 간명하게 설명할 수 있는 이론적 모형을 개발한다.
• 보다 적응적인 학습환경의 설계와 동기 증진 프로그램의 개발을 위해 과학적인 연구결과에 기초한 가이드라인을 제공한다.

두뇌동기연구소의 연구자들은 특정 연구설계나 방법에 얽매이지 않도록 의식적으로 노력하며, 언제나 주어진 연구문제에 대해 가장 좋은 답을 제시할 수 있는 연구설계와 분석방법, 또는 여러 설계 및 방법의 혼용을 활용한다. 두뇌동기연구소에서 활용하는 설계 및 방법에는 설문조사, 실험, 신경과학적 접근 및 통계적 모델링 등이 있다.

두뇌동기연구소에서 수행되는 연구는 크게 학생의 동기와 자기조절, 사회적 환경과 학습동기, 신경교육학, 동기 측정 및 변화 추적, 동기증진방법 및 전략, 교실 현장 연구의 여섯 가지 주제로 구분된다.

두뇌동기연구소는 동기 분야에서 국제적 명성을 지닌 연구소로 발전하는 것을 궁극적인 목표로 삼고 있다. 두뇌동기연구소의 연구자들은 최첨단 학제간 연구, 활발한 학술활동, 국내외 권위있는 연구소와의 적극적인 교류 및 동기와 정서 연구를 이끌어갈 수 있는 세계적인 전문가 양성을 통해 인류 발전에 공헌하고자 한다.